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对于常规的生物脱氮工艺，复合碳源应直接投加在缺氧段，并通过缺氧段内的搅拌器与进水及混合液充分混合，需防止水流剧烈紊流导致CH₃OH/CH₄O挥发至空气，也应防止因多余的氧气存在造成部分复合碳源被细菌好氧呼吸消耗。
如果污水厂采用四阶段或五阶段活性污泥工艺，在后续的缺氧段（第二缺氧段） 投加碳源可以获得比内源呼吸更高的反硝化速率；对于三级反硝化系统，如反硝化滤池、反硝化好氧生物滤池等， 则补充碳源对于系统的运行非常重要。
因为反硝化过程在主体曝气工艺的下游，进水中的所有溶解性BOD都已经被去除，所以复合碳源通常投加于反硝化进水中。
反硝化反应为 6NO3-+ 5CH3OH → 3N2+ 5CO2 + 7H2O + 6OH- ，根据此反应去除1mg NO3-N 需要1.9mg CH3OH。以CH3-OH作为碳源比以葡萄糖作为碳源反硝化速率快很多。CH₃OH/CH₄O在保存和使用上都需要多注意，对人体有低毒，因为在人体新陈代谢中会氧化成比毒性更强。葡萄糖：若一葡萄糖作为碳源9C6H12O6)，C6H12O6：NO3 -N 大约为7左右，容易引起细菌的大量繁殖，导致污泥膨胀，增加出水中COD的值，影响出水水质。建议用葡萄糖，用葡萄糖效果还是不错的，面粉效果比葡萄糖差。
面粉：这里说的面粉为小麦精致面粉，成分上也是非常高的。当缺氧或者厌氧池子中的污泥浓度较低时，通过以小麦面粉补充碳源对活性污泥的形成是有着很大的帮助的。同时，面粉也较容易买到。如设备的容积比较小，可以考虑以面粉作为碳源。
乙酸钠：若以乙酸钠（CH3COONa)作为碳源，是小分子有机酸的原因， 反硝化菌易于利用，脱氮效果是较好的。一般冬天时投加碳源，都是建议可以选择乙酸钠作为碳源投加，易溶于水，易被微生物所利用，所产生的污泥量相比于其他碳源时略高，花费上也是高于以面粉，葡萄糖，CH₃OH/CH₄O作为碳源的。
复合碳源药剂可以替代传统外加碳源药剂，避免了传统碳源药剂的高成本、高风险问题，大大提升了脱氮效率，降低了处理成本和污泥产量。
硝化反硝化脱氮是生物脱氮技术，目前在污水处理领域有着广泛的应用。在微生物脱氮方面，进行反硝化作用时，异养反硝化菌需消耗做为碳源并提供能量的外加有机物（碳源）。 国内外对外碳源的投加种类和投加量进行了一系列的研究，发现不同外碳源对系统的反硝化过程影响不同，即使外碳源投加量相同，处理效果也不同。
复合碳源含有多种营养元素，主要成分有：挥发性脂肪酸VFAS，天然微生物素PHA，多元醇，多类糖（3%-5%），微量元素和生长因子。 微生物的代谢途径包括常见的EMP途径（绝大多数微生物都有）、TCA途径（普遍有）、ED途径等。微生物利用碳源是由他自身具有的代谢过程相匹配的，不同的微生物，代谢途径不同，同种微生物也会有一种或多种代谢途径，每种途径的效率会不同。葡萄糖的代谢途径是糖酵解，像葡萄糖单一性碳源的代谢途径只有一种，使用过程中会出现让某种微生物大量繁殖而抑制了其他微生物的营养吸收,（葡萄糖易引起丝状菌大量繁殖）促进反硝化的同时,也可能会对其他菌的种类造成不好的影响，造成系统抗冲击能力下降。 选择复合碳源成分丰富，代谢途径多样化，包含TCA循环，糖酵解以及丝氨酸循环等多种代谢途径，能提升微生物活力和抗冲击力，能够很好的避免这些问题。生物利用率好，降低成本。复合碳源生产是通过生物发酵技术，生物利用率在95%以上，且对比葡萄糖等传统碳源要好一点，在达标的情况下，更能降低污水处理成本！