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首先要进行接种和样品的淘洗和浓缩，然后开始离心。
a. 两虫检测离心机应放在牢固的工作台或地板上，尽量减少晃动。
b. 平衡对称的离心管，和适配器、离心桶一起平衡，重量差别不超过0.5g， 尽量减少摆动。注意：如果离心管不被平衡则会产生额外的震动，影响到目标物的沉淀。
c. 设置离心机参数2000g，15min。样品在离心机中自然惯性停止，不可使用刹车系统急停。
d.用真空泵或蠕动泵吸取离心管中的上清液，在进口处装一个移液器以减少进口的真空力度。终留取5-8ml（可预先在管上做好标记）。流速控制在200±20ml/min。注意把移液管放到液面中心，接近液面处上吸取上清液，以减少沉淀的损失。
e. 将离心管中的剩余的浓缩液在涡旋混合器上混匀20秒。
f. 用缓冲液润洗移液器将所有液体转移至L型试管中。（注意：移液器需要用缓冲液润洗下，是为了避免移液管壁因干燥而将两虫挂壁。）
g. 使用纯水清洗两次移液管（如剩余体积为7ml,则每次1.5ml）,并将清洗 液移入同一个L型试管中，每次冲洗后都要停留20秒再移出液体。
两虫检测离心机离心和移液结束后，再进行两虫的捕获和染色，然后分析检验的结果就可以判断两虫的情况了。
贾第鞭毛虫和隐孢子虫是两种严重危害水质安全的、寄生于人和动物体内的原生虫，主要通过饮用水和食品等途径传播疾病。
由于贾第鞭毛虫和隐孢子虫的孢囊和卵囊表面包裹着一层较厚的囊壁，因此具有非常强的环境抗性，因为“两虫”的孢囊直径大小只有几个微米，不易为常规的沉淀、过滤等处理方法去除。
为什么要检测两虫？
便于协同调整水处理方案，水中两虫越多就需更多的处理以期降低其在水中的含量。保护公众，因为两虫会影响饮用者身体健康。
在开展水质检测工作时，相关部门应该根据实际情况制定出定期与不定期两种不同的检测制度，以此来保障饮用水的水质，并提升水质检测工作力度。此外，相关部门应该在开展饮用水资源管理工作的同时加强对周围环境的检测工作，从而使我国的水质检测工作朝着国际化的方向发展。相关单位在开展水质检测工作时，还需要结合现有的饮用水标准不断完善水质检测规范，并不断学习国际上先进的水质检测工作制度，以此来提升我国生活饮用水检测工作质量。
